Step 1 การนำเอาโพรงฟันออกมา

การรักษารากฟัน เริ่มด้วยการวางแผ่นยางกั้นน้ำลาย ไว้รอบฟันซี่ที่จะรักษารากฟัน เพื่อกันไม่ให้น้ำลายเข้ามาในบริเวณที่รักษา และยังเป็นการป้องกันอุบัติเหตุ ที่อาจเกิดจากวัสดุที่ใช้รักษาหรือ น้ำยาล้างคลองรากฟันไหลลงคอผู้ป่วย จากนั้นจึงใช้เครื่องมือเปิดตรงส่วนบนของฟัน เพื่อนำเอาเนื้อเยื่อโพรงประสาทฟันที่ติดเชื้อออก หากมีหนองใต้โพรงฟันก็จะนำออกมา ในคราวเดียวกันนี้ ซึ่งจะช่วยลดอาการเจ็บปวดจากการอักเสบติดเชื้อของฟันลงได้อย่างมาก ในขั้นตอนนี้

Step 2 การทำความสะอาดและเติมโพรงฟัน

ขั้นตอนต่อไปคือการทำความสะอาด และใช้เครื่องมือขยายโพรงประสาทฟัน ให้กว้างขึ้น เพื่อกำจัดเชื้อโรค และเพื่อให้สามารถเติมเต็มช่องว่างนี้ได้โดยง่าย ซึ่งฟันแต่ละซี่มีคลองรากฟันจำนวนไม่เท่ากัน อาจมีได้ตั้งแต่ 1-5 คลองราก และยังอาจมีคลองรากเล็กๆได้อีก ยิ่งมีจำนวนคลองรากมากก็ยิ่งต้องใช้เวลานานมากขึ้น

Step 3 การปิดโพรงประสาทฟันและใส่ครอบฟัน

หลังจากทำความสะอาดรากฟันเรียบร้อยแล้ว ต่อมาเป็นการใส่วัสดุเติมโพรงประสาทฟัน ให้ปิดสนิท เพื่อป้องกันไม่ให้เกิดการติดเชื้อซ้ำ หลังจากรักษารากฟันแล้ว ควรมีการบูรณะ ในส่วนของตัวฟัน ด้วยการครอบฟัน เพื่อป้องกันเชื้อโรค บริเวณส่วนตัวฟัน ที่มีการสัมผัสน้ำลายและอาหารในช่องปาก และเพื่อเพิ่มความแข็งแรง เนื่องจากฟันที่มีการรักษารากฟัน  อาจมีความเสี่ยงต่อการแตกหักได้ง่าย